El primer intento contemporáneo de normar los Estudios de Posgrado en el Perú fue la expedición del D.LNº14437, que inauguró el régimen departamentalista en las universidades, dentro del cual se creó la Dirección de Programas Académicos de Perfeccionamiento, encargada de lo que hoy se denomina Programa de Posgrado.
En opinión del doctor Antonio Peña Cabrera, ex director de la Escuela de Posgrado: “Fue un defecto del D.L.Nº 17437 y sus reglamentos el haber llamado a todo el posgrado ‘perfeccionamiento’, sembrando una confusión que todavía no aclaramos suficientemente”. Se trató de complementarlo con el D.L.Nº19326, que nunca se reglamentó en lo que a nivel universitario y de posgrado doctoral se refiere.
En el contexto del primer decreto ley citado, empezaron a ponerse en funcionamiento las primeras maestrías, y fue la de Bioquímica y Fisiología la fundadora de aquella etapa. Durante este periodo, se crearon varias maestrías, y la última de esta etapa fue la de Microbiología, que inició sus actividades en 1983. No todas empezaron a funcionar luego de ser autorizadas por el Consejo Nacional de la Universidad Peruana (CONUP) o el Consejo Nacional Interuniversitario (CONAI), pues, en muchos casos, se las había propuesto sin las posibilidades reales de infraestructura o existencia mínima de un plantel docente.
Los directores de los denominados “Programa de Perfeccionamiento” fueron sucesivamente los doctores Aizic Cotlear Dolberg (1970-1971), Elmer Alegría Bazán (1971-1975), Meilach Burstein Pait (1975-1980) y Manuel Velasco (1980-1985). Durante el periodo del Dr. Burstein se organizaron dos seminarios sobre Maestrías y Doctorados, con los auspicios del CONUP, del Consejo Nacional de Investigación y del desaparecido Instituto de Investigación Tecnológica Industrial y de Normas Técnicas (ITINTEC). El primero de ellos se realizó entre el 21 y 26 de octubre de 1975 y el segundo entre el 18 y el 22 de abril de 1977.
El 9 de diciembre de 1983 se promulgó la Ley Universitaria Nº23733, que marcó el retorno al régimen de Facultades y Escuelas. Al año siguiente se aprobó el Estatuto de nuestra Universidad que anexó cada uno de los “Programas de Perfeccionamiento” (en la actualidad Unidades de Posgrado-UPG) a las facultades correspondientes y situó a la antigua “Dirección” (hoy Escuela de Posgrado-EPG) en un nivel general, como ente normativo, supervisor y coordinador con rango de Facultad. Desde entonces, cada Unidad de Posgrado depende administrativamente de su Facultad, pero académicamente está sujeta a la normatividad de la Escuela de Posgrado.
Entre las particularidades que estipulaba la ley Nº23733 merecen destacarse las siguientes: el posgrado debe ser escolarizado, es decir, ejecutarse mediante cursos en aulas y con plazos establecidos; distingue entre el posgrado profesional “segunda especialización” y el académico (maestrías y doctorados). Además, señala que sólo las Universidades organizan estudios de posgrado académico conducentes a la obtención de los grados de maestro y doctor.
La dirección de la Escuela de Posgrado recayó en la Dra. Beatriz Lizárraga de Olarte, quien a su vez formaba parte del plantel docente de la primera y más antigua de las maestrías de San Marcos, la de Bioquímica. En su gestión, la Escuela de Posgrado asumió la planificación, coordinación y supervisión del proceso de admisión a las maestrías y doctorados, correspondiendo a las UPGs la ejecución de dicho proceso. En febrero de 1986, se realizó el seminario “Diagnóstico Situacional del Posgrado en San Marcos”, en el cual se efectuó un balance de lo actuado y se definió la situación, metas y objetivos de la nueva Escuela. Un año después, en 1987, la Dirección de la Escuela propuso un Reglamento para los Estudios de Maestría.
Con respecto a los estudios doctorales escolarizados, bajo la propuesta de la Dirección de la Escuela de Posgrado, se aprobó el reglamento pertinente en febrero de 1993. Los estudios de doctorado se interrumpieron por un lapso de más de dos décadas, reiniciándose en septiembre de 1993.
En 1988, asume el cargo de director el doctor Antonio Peña Cabrera, entonces director de la Unidad de Posgrado de Letras y Ciencias Humanas. Entre 1990 y 1991 se concluyó el reglamento para el otorgamiento del grado de magíster. Al concluir la gestión del doctor Peña, el número de maestrías se había incrementado notablemente hasta llegar a 32 especialidades.
En 1991, el Dr. Julio César Sanz Elguera sucedió al doctor Peña en la Dirección e inmediatamente organizó el “Seminario de Reestructuración Curricular de los Estudios de Maestría y bases para el Doctorado Escolarizado”. El seminario se efectuó en tres etapas, la última de las cuales concluyó en febrero de 1992, con la elaboración de un documento que sirve de base, hasta hoy, a la política de altos estudios de la institución.
En 1992 se produjo el traslado de la sede principal de la Escuela. La nueva sede permitió contar con ambientes más amplios que contribuyeron a un mejor servicio administrativo y a ofrecer mayores facilidades para el trabajo académico. En mayo de 1993, apareció el primer número de Magistri et Doctores, boletín bimestral de la Escuela de Posgrado, del que aparecieron trece números.
En diciembre de 1993 se llevó a cabo la “Convención Nacional de Escuelas de Posgrado”, organizada por la Escuela de Posgrado de nuestra Universidad y que contó con el auspicio del CONCYTEC y de la Asamblea Nacional de Rectores. En esta Convención participaron Directores y/o representantes del Posgrado de las universidades de todo el país, y se logró, entre sus acuerdos más importantes, la creación de la Academia Peruana de Posgrado.
En agosto de 1994, comenzó a utilizarse el local ubicado en la avenida Arequipa 220 para el dictado de los cursos del programa especial de lenguas modernas, algunos cursos especiales y también para el apoyo a las Unidades de Posgrado.
A partir de junio de 1995, la Comisión de Reorganización de la Universidad, en uso de las atribuciones conferidas por la Ley Nº 26457, designó como director de la Escuela de Posgrado al magíster José W. Vásquez Rojas, en reemplazo del doctor Julio Sanz Elguera. Posteriormente, en 1996, asume la Dirección el doctor Wilfredo Kapsoli Escudero. En marzo de 1997 fue designado el doctor Luis Piscoya Hermoza.
A partir de junio de 1997, la alta dirección de la Universidad designa al doctor Jorge Angulo Cornejo como Director de la Escuela. Nombrado por el Comité Transitorio de Gobierno, en el año 2001, asume la Dirección de la Escuela al doctor Luis Piscoya Hermoza.
Con el restablecimiento de la democracia en San Marcos, el 2 de octubre de 2001, se produce la elección del doctor José Gómez Carrión como Director de la Escuela de Posgrado durante el período 2001-2004.
En el mes de noviembre de 2004, el Comité Directivo de la Escuela de Posgrado eligió a la doctora Luisa Negrón Ballarte como Directora de la Escuela de Posgrado, quien cumplió su labor hasta el mes de junio de 2007.
En mayo de 2005 la Escuela de Posgrado se muda a un nuevo a un mucho más amplio local ubicado en San Isidro (avenida Pezet 1905) donde funciona hasta la actualidad.
El 7 de junio del 2007 se nombra como Director encargado de la Escuela de Posgrado al doctor Marco Gerardo Martos Carrera, quien finalmente, es elegido el 19 de Septiembre como Director de la Escuela de Posgrado.